Âm vị học tiếng Dukha cho thấy nhiều điểm tương đồng với tiếng Tuva. Sự khác biệt lớn nhất với tiếng Tuva nằm ở hệ thống phụ âm, mà trong tiếng Dukha, cũng chứa các âm lưỡi gà và thanh hầu.

Hệ nguyên âm của tiếng Dukha giống với tiếng Tuva, ngoại trừ âm [ɨ].[10]

Hệ phụ âm của tiếng Dukha có các phụ âm lưỡi gà và hầu họng, không có trong tiếng Tuva. Âm /r/ chỉ có thể được tìm thấy ở đầu các từ mượn; những từ mượn này thường có một nguyên âm đứng trước. Ví dụ: ə-rayoon ("tơ nhân tạo").

Bên cạnh sự hài hòa về nguyên âm, tiếng Dukha còn có sự hài hòa về phụ âm, được tìm thấy ở phần đầu của các hậu tố.[10]